Работен пакет 6

ЦЕЛ

Идентифициране на потенциални биотерапевтици в пептидни смеси с природен произход като основа на алтернативни подходи за терапия на инфекциозни заболявания, причинени от мултирезистентни бактериални щамове и при имуно-компрометирани пациенти

Задача 6.1. Определяне на първичната и пространствената структура на индивидуални пептиди и гликопептиди в многокомпонентни смеси с природен произход

1. Идентифициране на индивидуални пептиди и гликопептиди в многокомпонентни смеси с природен произход
2. Определяне на първичната и олигозахаридни структури на индивидуални чрез комплекс от масспектрометрични техники и методи
3. Охарактеризиране на изолираните вещества с модерни спектрални методи – масспектрометрия и флуоресцентна спектроскопия
4. Прогнозиране на вероятни структурни елементи на пептиди с неизвестна 3D структура чрез набор от моделни техники. Мета-анализ на получените структури. Класификация на изследваните пептиди
5. Валидиране на резултатите чрез ЯМР структурни изследвания на представителни пептиди

Задача 6.2. In silico изследване на поведението в разтвор на новоизолираните пептиди в моно- и мултипептидни състави. Експериментални изследвания за входни данни за моделирането и контрол

1. Моделиране на процесите на самоорганизация в условия, близки до физиологичните, на еднокомпонентен разтвор на представители на класовете пептиди, определени в задача 6.1.
2. Моделиране на процесите на самоорганизация в условия, близки до физиологичните, на многокомпонентен разтвор на представители на класовете пептиди, определени в задача 6.1.
3. Експериментално изследване на разтворимостта и динамиката на формиране на агрегати на новоизолираните БАВ от задача 6.1 за входни данни и контрол на моделните изследвания
4. In silico оптимизиране на пептидните клъстери от гледна точка на биологичната активност на сместа

Задача 6.3. Експериментални изследвания на пептид-мембранния комплекс за осигуряване на входни данни и валидиране на разработвания в задача 6.4 in silico модел

1. Изследване in vitro на механизма на проникване на пептидите и гликопептидите в патогенни бактериални клетки
2. Измерване на термодинамичните параметри на свързване на избрани БАВ с мембрани с помощта на изотермна титрационна калориметрия

Задача 6.4. Моделиране и анализ на пептид-мембранно взаимодействие: енергетика, фазова структура, образуване на пори, пептидна дифузия

1. Изследване на динамиката на пептид-мембранните взаимодействия при еднокомпонентни клъстери
2. Изследване на динамиката на пептид-мембранните взаимодействия при многокомпонентни клъстери
3. Сравнителен анализ на синтетичните и експерименталните данни за структурата на клъстерите и антимикробна активност в едно- и многокомпонентен пептиден разтвор